В 1909 году в Анапе появилась Комната древностей, где хранились находки археолога Николая Веселовского. Он проводил раскопки на Кубани и жил в Анапе на своей даче. В 1917 году часть коллекции из Комнаты древностей пропала.
В 1932 году археолог Чайковский организовал музей из оставшихся древностей. Во время войны музей разрушили и восстановили его в 1945 году.
В 1954 году, когда рыли котлован для кинотеатра «Родина», обнаружили некрополь греческого города Горгиппия, который существовал в 4–3 веках до нашей эры.
За 20 лет раскопок археологи нашли 700 могил, усадеб, курганов, статую правителя города — Неокла и склеп Геракла. Стены внутри склепа украшены росписью по сюжету двенадцати подвигов Геракла, а три саркофага — пустые, их разорили ещё в древности. На основе этих находок создали заповедник «Горгиппия».
Сейчас в «Горгиппии» можно посмотреть на остатки древних улиц, цитадели, виноделен, надгробия, на графическую реконструкцию дома торговца. В воссозданном амфитеатре проводят представления и спортивные состязания.
В отделе археологии хранятся утварь жителей Горгиппии, монеты, оружие, украшения, инструменты.