Первую деревянную церковь Ильи Пророка основали в 1612 году. Церковь перестраивали в камне в 1718 и 1835 годах. Второе здание сохранилось до наших дней.
Кирпичная церковь в стиле классицизма имеет четырёхстолпную трапезную, которая соединяет храм с трёхъярусной шатровой колокольней. Среди церковных ценностей были Евангелие 1651 года, древний крест с мощами, который пожертвовал купец Иван Ирошников, плащаница 1682 года.
Прихожане Ильинской церкви оставляли щедрые пожертвования. Среди таких прихожан были зарайские купцы Шолоховы — предки писателя Михаила Шолохова.
В 1860 году во время пожара в здании обрушились купола, но сохранились колокольня и престолы.
В 1930 годах церковь закрыли, иконы и церковную утварь украли, настенную живопись уничтожили. Внутри разместили литейный цех.
Последнего настоятеля храма Алексия Аманова расстреляли на Бутовском полигоне. В 1990-е годы его объявили новомучеником.
В 1996 году на куполе установили новую кровлю, покрасили стены, установили ограду вокруг храма, заменили окна в алтаре, трапезной и на барабане купола. К зданию подвели газ, на колокольне установили семь колоколов.
В церковном доме рядом с храмом работают трапезная и воскресная школа для детей 5–16 лет.