Меряне основали городище Усть-Шексна в 11 веке в месте впадения Шексны в Волгу. Площадь городища — 30 гектаров.
Впервые об Усть-Шексне говорят в летописи о Ростовском восстании 1071 года. В 14–15 веках татаро-монголы разрушили северную и центральную части города. В 15 веке Усть-Шексна стала административным уделом Шехонских князей, в городе занимались торговлей и таможней.
Жители производили металлургические и гончарные изделия, а затем продавали товары купцам с Волжского торгового пути.
В центре Усть-Шексны здания располагались в несколько рядов параллельно реке. В южной части находились частоколы, срубные строения, дощатая вымостка двора. Основная часть домов — наземные или двухкамерные с глинобитными печами-очагами.
На раскопках археологи нашли византийские и скандинавские изделия, дирхемы (арабские серебряные монеты), актовую печать Игоря Ярославича, надписи-граффити, книжные застёжки, писа́ла, предметы с позолотой и эмалью, пластинчатые доспехи, кольчуги и боевые топоры.
В 2005 году в городище построили сторожевую башню с интерактивным археологическим музеем и смотровой площадкой. Рядом установили памятный знак в виде древнерусского воина.