Музей основали в 1997 году в казарме 19 века «Кронпринц». Это единственный музей актуального искусства в Калининградской области.
Площадь музея — 6000 квадратных метров. Выставки располагаются на 5 этаже, башню и мансарду реставрируют.
Другие филиалы ГЦСИ находятся в Москве, Владикавказе, Екатеринбурге, Нижнем Новгороде, Санкт-Петербурге, Томске, Самаре и Саратове.
Направления музейной работы: наследие в актуальном контексте, современное искусство и общество, публичное пространство, эпоха постбиологии, звук и видео, выставочные, образовательные и издательские программы, встречи с художниками.