Музей открыли в 1957 году в здании городского суда 1903 года. Сотрудники военно-морского музея в Санкт-Петербурге подарили Балтийску модели кораблей, абордажное оружие 18 века, старинные книги, картины современных маринистов. Собирать их помогали ветераны Великой Отечественной войны, военные моряки и местные жители.
В 1962−1992 годах музей располагался в Таллине — главной базе Балтийского флота.
В музее находится 20 000 экспонатов: вещи, принадлежавшие адмиралам Михаилу Лазареву, Ивану Крузенштерну, вице-адмиралу Степану Макарову, другим офицерам; холодное и огнестрельное оружие 18−20 веков, закладные доски кораблей Балтийского флота.
Историческая ценность — штурвал яхты «Полярная звезда» Николая II.
Работают выставки об истории, разведке, морской авиации, надводном и подводном Балтийском флоте, периоде Великой Отечественной войны, истории Пиллау.
Можно посетить Балтийскую крепость — цитадель 17 века.