Это часть Тотемского музейного объединения. Находится на территории Входоиерусалимской церкви, которую построили в 1774–1794 годах на деньги купцов-мореходов Григория и Петра Пановых. До передачи музею в здании церкви находился ликёро-водочный завод.
Музей открыли в 1996 году, в год празднования 300-летия Российского флота. В музее можно узнать историю возникновения флота, познакомиться с бытом тотемских купцов, их путешествиями на острова Тихого океана и освоением северных территорий. Есть отдельная выставка об истории современного флота от Второй мировой войны до наших дней.
Летом можно подняться на колокольню, откуда открывается вид на город.
В 2019 году музей планирует переезд в новое помещение.