Музей появился в 1966 году и был двумя церквями, колокольней и деревянной оградой 18–19 веков. Позже привезли экспонаты из карельских, вепсских и русских деревень. В их числе образцы деревянного зодчества 16–20 веков: церкви, часовни, жилые дома карельских крестьян, ветряные мельницы, амбары, хозяйственные постройки.
Музей разделили на несколько секторов: Русские заонежья, Васильево, Кондопожский, Северные карелы, Пряжинские карелы, Ямка.
Территория острова — заповедник, поэтому при посещении музея нельзя разводить костры, курить, охотиться. Стоянки и ночёвки для туристов разрешены только в специально оборудованных местах.
На территории музея проводят тематические мероприятия, фестивали народной культуры и реконструкции быта различных эпох.
Попасть на остров Кижи можно на пароме или на транспортном вертолёте. Машину можно оставить на платных автостоянках или у пристани в Петрозаводске.