Музей открыли в 1946 году в доме, где родился и вырос академик Иван Павлов. В музее 16 000 экспонатов: личные вещи учёного, документы, фотографии, первые издания его работ.
Владельцем дома был его отец, священник Пётр Павлов. После смерти отца братья Иван и Дмитрий отказались от наследства в пользу сестры Лидии, а третий брат Сергей получил 3000 рублей серебром и старинную мебель. В 1927 году Лидия продала усадьбу, там устроили коммунальные квартиры.
Иван Павлов называл отчий дом «Дом-крошка с мезонином в три окошка».
К десятой годовщине смерти академика в усадьбе создали музей. Позже музею отдали родительский дом, построенный в 1888 году отцом учёного.
Музей восстановил дом родителей и доходный флигель, хозяйственные постройки, дом-беседку, баню, колодец, площадки для игры в городки и крокет, фруктовый сад. Сохранились интерьеры середины 19 века.
В доме родителей находятся спальни членов семьи, гостиная, столовая и кухня. В комнате мамы Варвары хранятся её вышивки и игрушки ручной работы.
В спальнях детей находятся предметы их будущих профессий: у Ивана — коллекция бабочек, у химика Дмитрия — микроскоп и наборы инструментов, у Петра — охотничьи трофеи.
В гостиной стоит рабочая музыкальная шкатулка с песней «Ночка». В столовой — стол с самоваром, баранками, старинной кофеваркой и гильотиной для раскалывания сахарной головки.
В 1974 году открылся дом науки с выставкой об открытиях учёного в разных областях физиологии и опытах с собакой.
Музей организует тематические балы, старинные русские игры и театрализованные представления.