Патриарх Никон построил Валдайский монастырь в 1653–1656 годах как копию Иверского монастыря на горе Афон в Греции.
В 1654 году Никон переименовал Валдайский посад в село Богородицкое и освятил Валдайское озеро, опустив на дно Евангелие и крест. Монастырю жаловали озеро с островами, вотчины в Боровичах, Яжелбице, Вышнем Волочке.
В монастырь переселилась братия белорусского Кутеинского монастыря, которая привезла типографию и начала развивать книгопечатание и переплётное мастерство.
В 18 веке монастырь обеднел, его приписали новому Александро-Невскому монастырю и перевезли туда большой монастырский колокол.
В 1919 году в монастыре открыли трудовую артель с угодьями, садами, огородами, пахотой и пастбищами. В 1927 году выяснилось, что монашеская община поклоняется Иверской чудотворной иконе. Артель закрыли, общину ликвидировали, икону увезли в неизвестном направлении.
В монастыре разместили историко-архивный музей, затем музей краеведения, мастерские, дом инвалидов Великой Отечественной войны, лесную школу для больных туберкулёзом детей, базу отдыха.
В 1990–2000 годах монастырь отреставрировали, освятили и возобновили богослужения. Из Петропавловской Валдайской церкви привезли копию Иверской иконы.
В монастырский комплекс входят:
— собор Успения Пресвятой Богородицы (1653–1656);
— трапезная Богоявленская церковь (1657) с хлебней и квасоварней (1668);
— надвратная церковь Михаила Архангела (1680, верх перестроили в 18 веке);
— надвратная церковь Филиппа, митрополита Московского (1874);
— больничная церковь Иакова Боровичского с больничной и трапезной палатами (1702, перестроили в 19 веке);
— шатровая колокольня (1679–1689);
— наместнический корпус (17 век);
— казначейский корпус (1680-е);
— братский корпус (18 век);
— странноприимный, гостиный, конюшенный корпуса (19 век);
— каменная ограда с башнями (18 век);
— Николаевская (Михайловская) башня (1680-е);
— часовня с усыпальницей Панаевых (1870).